В 1941-1942 годах в Казань была эвакуирована значительная часть институтов Академии наук СССР. Столица стала наиболее крупным центром сосредоточения академических учреждений, Казанский университет – центром научной жизни всего СССР, а научная библиотека вуза – ведущей библиотекой страны.

В годы Великой Отечественной войны Научная библиотека Казанского университета продолжала работать. Как и большая часть сотрудников вуза, коллектив библиотеки в июле и августе 1941 года занимался в кружках противовоздушной и противохимической обороны и первой помощи. В командах группы самозащиты состояло по 25 человек. С июля библиотекари несли круглосуточное дежурство в здании библиотеки и университета.

Чтобы освободить университетские помещения для эвакуированных в Казань подразделений институтов Академии наук СССР, сотрудники библиотеки перенесли из университета в здание библиотеки более 100 тысяч томов книг. Под руководством Михаила Ланцова библиотека была подготовлена к выполнению задач военного времени.

Ведущим направлением работы библиотеки Казанского университета стало обслуживание ученых институтов Академии наук СССР. Среди них были выдающиеся личности: О.Шмидт, П.Капица, А.Иоффе, Л.Орбели, В.Хлопин, С.Соболев, Н.Пигулевская, Б.Греков и другие. Я.Френкель написал в Казани книгу «Кинетическая теория жидкостей», Е.Тарле работал над вторым томом капитального труда «Крымская война», Л.Модзалевский составил обширный сборник «Материалы для биографии Н.И.Лобачевского». 

«Все свободное время я проводил в читальном зале университетской библиотеки, где зимой, хотя и не топили, можно было удобно заниматься благодаря внимательной помощи библиотечных работников. Чернила я носил в чернильнице XVII века, которую мне подарил местный коллекционер Коровин. Чернильницу я прятал на груди, чтобы не замерзли чернила», – писал будущий академик Д.Лихачев.

В своих воспоминаниях ученый отмечал, что в Казани, а точнее в читальном зале библиотеки Казанского университета, им было создано несколько статей для «Исторического журнала», собран материал для докторской диссертации и написаны книги «Национальное самосознание Древней Руси» и «Новгород Великий. Очерк истории культуры Новгорода XI-XVII вв.». Книги вышли в свет, когда Институт русской литературы вернулся из Казани в Ленинград.

Совсем необычной была для библиотеки помощь раненым бойцам и командирам Красной Армии, находящимся на лечении в казанских госпиталях. Им выдавались книги через межбиблиотечный абонемент. В 1941 году библиотека обслуживала 14 госпиталей, в 1943 году – 34.

В годы Великой Отечественной войны большинство мужчин-сотрудников библиотеки были мобилизованы в Красную Армию. В 1941 году ушли на фронт ученый секретарь библиотеки В.Митрофанов и заместитель директора по административно-хозяйственной части Г.Файзрахманов, а в сентябре 1942 года – директор библиотеки М.Ланцов.

Условия, в которых трудились оставшиеся в тылу сотрудники библиотеки, были тяжелыми. Книгохранилище не отапливалось, читателей было много. Сотрудницы каждый день на санках возили кипы книг, ходили в лес за чертой города за дровами – не отапливать библиотеку было нельзя.

Чрезвычайно серьезно стоял вопрос о питании сотрудников, так как библиотека не имела своей столовой и других источников снабжения. 6 октября 1942 года директор библиотеки М.Андреев обратился к вице-президенту Академии наук СССР академику А.Иоффе с письмом.

«Глубокоуважаемый Абрам Федорович! Прошу Вас от имени научной библиотеки обратить самое серьезное внимание на работу библиотеки, принять горячее и повседневное участие в ее работе и деятельности как подсобной научной базы в целом для Академии наук. Научная библиотека ТАССР при КГУ является не только богатейшей книжной сокровищницей союзного значения, но и одной из старейших и крупнейших библиотек Советского Союза, особенно богатой ценной и редкой литературой», – говорилось в письме.

Огромную помощь библиотеке оказал историк, книговед и крупный специалист в библиотечном деле Александр Эйхенгольц. В 1941 году, во время эвакуации Московского библиотечного института А.Эйхенгольц был направлен в Казань, где работал сначала научным работником, а затем временно исполняющим обязанности заведующего Казанским музеем им. А.М.Горького и одновременно заведующим отделом рукописей и редких книг Научной библиотеки КГУ. Его талант и опыт позволили решить многие проблемы, связанные, например, с организацией хранения фондов, обустройством читальных залов и проведением культмассовых мероприятий.

В военные годы штат библиотеки уменьшился более чем вдвое: из 112 человек к концу 1943 года осталось 45. В 1943 году сотрудники библиотеки получили известие о том, что на фронте погиб бывший директор библиотеки М.Ланцов, ушедший на фронт в 1942 году.

Многое было сделано библиотекой в последний год войны в плане оказания помощи заводам, предприятиям, военным организациям, которые черпали необходимые сведения для выполнения оборонных заданий. Библиотека выполнила ответственную задачу восстановления разрушенных фашистами библиотек. Достаточно указать, что библиотека в 1945 году выслала свыше 6000 томов научной и учебной литературы библиотеке Ростовского государственного университета, а также оказывала помощь библиотекам освобожденных от фашистов городов нашей страны.

Несмотря на тяжелейшие условия, холод и напряженный темп работы, сотрудники библиотеки приближали заветный День Победы вместе со всей страной.