Исследователи Института фундаментальной медицины и биологии КФУ возвратились после обучения HLA-типированию ДНК методом NGS в немецком Фонде Стефана Морша в Биркенфельде и в лаборатории одного из производителей реагентов компании GenDx в Утрехте (Нидерланды), а также прошли тренинг в Казани, организованный другим производителем реагентов – компанией Omixon. Все это состоялось и стало возможным в рамках сотрудничества КФУ и Русфонда.

Новая для России методика позволит ускорить строительство Национального регистра доноров костного мозга, снизить стоимость и поднять качество типирования. Как мы уже писали, внедрение этой методики Русфонд начал в лаборатории ИФМиБ КФУ. На кого равняются россияне, что самое сложное в начатом эксперименте и зачем нужны сразу два производителя реагентов – на эти и другие вопросы редакторы проекта «Русфонд.Регистр» Марианны Беленькой отвечает старший научный сотрудник лаборатории Экстремальная биология (КФУ-РИКЕН) Института фундаментальной медицины и биологии КФУ, консультант Русфонда Елена Шагимарданова.

– Почему для стажировки вы выбрали Фонд Стефана Морша?

– Фонд первым в Германии начал создание регистра доноров костного мозга. Этот опыт для нас очень важен. Прежде всего мы интересовались лабораторией типирования потенциальных доноров фонда. Первопроходство ее сотрудников в европейском типировании заставило их 20 лет назад самостоятельно разрабатывать технологию, но и сейчас на многих этапах типирования они используют эти home-brew-методы.

Мы с коллегой Яной Лексиной познакомились с главой отдела NGS-лаборатории доктором Вольфгангом Петером. Именно он начал внедрять здесь секвенирование нового поколения для типирования генов HLA, отвечающих за тканевую совместимость. Приняла нас и член совета директоров фонда, руководитель его центра поиска доноров и отдела международных отношений Сюзанна Морш. Она отвечает за координацию всей деятельности фонда, на ней контакты с пациентами, донорами, рекрутинг и содержание регистра.

– Как устроена работа лаборатории?

– Фонд типирует 20–25 тыс. образцов ДНК в год. Процесс начинается в комнате приема образцов крови. Здесь кровь центрифугируется, отбирается фракция, богатая лейкоцитами. Из них уже в соседней комнате выделяют основу для секвенирования – ДНК. Она замораживается и может храниться длительное время. В других помещениях заготавливают пробы и проводится секвенирование. Затем биоинформатики расшифровывают и анализируют данные. Перед тем, как занести данные в регистр, руководитель лаборатории просматривает результаты еще раз. Сомнительные образцы переделываются.

– Что для вас оказалось самым неожиданным?

– Меня поразило, что пошаговый учет этого производства занимает более 50% рабочего времени. Учет обеспечивает надлежащий контроль качества операций, его материалы необходимы для периодической сертификации лаборатории. Обычно в научных лабораториях каждый сотрудник просто ведет лабораторный журнал, где записывает основные шаги. А в лаборатории в Биркенфельде существуют специальные формы, в которые записывают абсолютно все протоколы, концентрации, вариации, если они были. После сотрудника за каждый этап обязательно расписывается заведующий лабораторией. Раз в два года проверяющие из Европейской федерации иммуногенетиков обязательно изучают лабораторную документацию, они вправе запросить данные любого типирования – даже трехлетней давности. Без такой проверки передавать материал для ТКМ за рубежом невозможно.

– Как вам поможет новый опыт?

– Нам удалось подробно изучить процесс типирования в работающей лаборатории и понять, что мы упускали при планировании этой работы. Теперь, думаю, мы знаем все о правильной практической организации процесса. Я предполагаю, где могут у нас возникнуть проблемы, и мы видим способы их решения.

В Казани нам не надо будет изобретать велосипед, мы просто используем лучшие европейские практики. Это позволит нам ускорить старт проекта и сэкономить деньги на закупке оборудования: теперь мы уже точно не купим ничего лишнего, как это часто бывает при организации лаборатории с нуля. Теперь мы стартуем не с нуля!

Очень важно было заручиться поддержкой немецких коллег. Я точно знаю: теперь она нам обеспечена. При необходимости они готовы приехать и помочь нам запустить процесс.

Доктор Вольфганг Петер, Яна Лексина, Сюзанна Морш, Елена Шагимарданова
 

– А что запомнилось помимо работы лаборатории?

Здешний метод рекрутинга новых доноров. На стоянке фонда стоит замечательный старый лондонский автобус. Он весь в наклейках с символикой фонда – эдакая реклама на колесах. И этот вот автобус колесит по Германии, собирая новых доноров. Мобильные передвижные точки очень важны: это позволяет заезжать даже в небольшие городки и села, где нет организованных пунктов донорства, и создает возможность любому здоровому человеку стать частью большего хорошего дела.

– Из Германии вы отправились в Нидерланды. Что особенного в работе компании GenDx?

– Компания GenDx разработала удобное решение для проведения всего протокола типирования: от подготовки проб до программного анализа. Под руководством ее сотрудника мы смогли сами провести весь протокол. Его можно реализовать и в лаборатории КФУ. GenDx этот протокол постоянно совершенствует, и нам позволили протестировать новую разработку, материалы о которой официально еще даже не опубликованы. Новый протокол позволит немного удешевить процесс и сэкономить время работы лаборанта.

Программное обеспечение для анализа данных секвенирования оказалось понятным и очень удобным. Программа сохраняет детальную информацию, можно пересмотреть каждый сомнительный образец.

– Буквально вчера в Казани вы завершили тренинг с другой командой поставщиков – компанией Omixon…

– Да, и это несомненно полезный опыт! Мы познакомились с наработками этой компании в своих собственных стенах – лучший способ внедрения инновации! Когда учишься за границей, где все уже устроено, каждый аппарат на своем месте, то обучаешься на всем готовеньком. В своей лаборатории приходится сразу приспосабливаться к «национальным особенностям» инновации, видишь все проблемы, которые вылезут в будущем.

– Какая необходимость обращаться сразу к двум поставщикам реагентов для NGS?

– На этом рынке несколько крупных игроков. Мы выбрали двух оптимальных по соотношению цены и качества. Надеюсь, конкуренция поставщиков даст нам наиболее адекватную цену. Надо отработать каждый протокол своими руками и выбрать тот, который максимально подойдет нам. Иначе потом потратим дополнительное время на оптимизацию процесса.

– Почему нельзя просто взять у компаний их протоколы и действовать по написанному?

– Можно и так. Но тогда неминуемо теряешь время на набивании собственных шишек. Европейские лаборатории нас обогнали – это факт. Но мы заимствуем их лучшие практики, учимся на чужих ошибках – и экономим время на освоение. И еще: бесценно живое общение с теми, кто давно держит пипетку в руках и ценой собственных проб, ошибок и потраченных реагентов, уже точно выверил, как делать лучше.

И коллеги не стоят на месте. Методы вчерашнего дня у них по-прежнему на потоке, они типируют тысячи образцов. Но параллельно они разрабатывают новые подходы, типируют новые гены, которые завтра учтут при трансплантации. И мы должны быть в теме! Связи очень важны, чтобы в момент рождения новой технологии мы не отстали. Надо обязательно ездить, общаться вот на таком рабочем уровне, участвовать в конференциях.

– Есть ли уверенность, что в Казани до конца года удастся внедрить технологию типирования на аппаратах NGS?

– Если не сбавим темпов, то уверенность абсолютная. Сейчас самое важное – наладить бесперебойную поставку реагентов и образцов крови доноров из других регионов.

Яна Лексина и Роберт Веллеверд в лаборатории компании GenDх

– В чем суть происходящего сейчас в Казани?

– Мы должны отработать всю технологию – от доставки пробирки с кровью до получения фенотипа донора и внесения его в регистр. Нужно определиться с необходимым количеством расходных материалов, их ценой. Как только мы выйдем на типирование 200 образцов в неделю, станет ясно, насколько мы дальше можем расти в объемах типирования и снижать его цену. Надо научиться взаимодействовать со всеми участниками процесса в разных городах России – прежде всего, с коллегами из НИИ онкологии, гематологии и трансплантологии имени Р.М. Горбачевой в Петербурге.

– А что самое трудное?

– Наверное, организация правильного хранения информации, ведение документации. Знаете, после всех тренингов есть уверенность, что мы на правильном пути.

Русфонд благодарит Сюзанну Морш и Вольфганга Петера из Фонда Стефана Морша за добросердечие и открытость в обучении казанских ученых. Признательность выражается Яну Дёйкеру и Роберту Веллеверду из компании GenDx, а также Марчелло Скале, Норе Надь, Фружине Феледьхази и Даниелю Хорвату из компании Omixon за бесплатные тренинги и реактивы.

Оригинал публикации - на сайте Национального регистра доноров костного мозга имени Васи Перевощикова